本プログラムの特徴は、生物応用化学科4年で、応用化学コースと生物工学コースの二つのコースに分かれ、それぞれ応用化学と生物工学を主とした教育を行う点にあります。同時に実験科目をはじめとした多くの専門共通科目を設定することにより、両分野の基礎的内容の教育を行っています。
また、専攻科生物応用化学専攻では、生物応用化学科の応用化学コースと生物工学コースを統合し、必修科目に加えて、学生が自らの興味に基づいて自由に科目を選択できるように選択科目群を設定することにより、化学及び生物工学の両分野に精通した技術者の養成が可能となっています。
本プログラムでは研究活動を重要視しており、生物応用化学科5年における卒業研究に専攻科生物応用化学専攻における2年間の特別研究を加えた3年間にわたる研究期間を設定しています。この研究期間では研究室が主体となり、学生には指導教官によるマンツーマン教育が施されます。それにより、技術者の素養として要望される多面的思考能力や、自主的に計画性を持ち、かつ創造性の豊かな人間育成が可能となります。
さらに、化学・生物工学の専門分野以外にもコンピュータ利用技術、日本語表現力、国際的コミュニケーション基礎能力の育成、環境ならびに技術者倫理の教育にも力を注いでおり、幅広い知識と思考力の修養を図ることにより、「地域貢献型技術者」の育成を目的としています。